Enigmo представляет собой трёхмерную головоломку, где игрок управляет потоками воды, масла и лавы, направляя капли из раздатчиков к целям с помощью объектов вроде отражателей, ползунков, ускорителей и губок, меняющих траекторию движения. За прохождение каждого из 50 уровней на скорость игрок получает бонусные очки, а реалистичная физика делает геймплей уникальным. Бесплатные дополнения, включая пользовательские уровни, доступны с версии 1.1, а редактор уровней позволяет создавать собственные задачи в версиях для Mac или PC.